大豆油脂合成和根瘤固氮相关基因的生物信息学挖掘

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大豆油脂合成和根瘤固氮相关基因的生物信息学挖掘
论文目录
 
摘要第1-9页
ABSTRACT第9-12页
符号说明第12-14页
第一部分 文献综述第14-33页
第一章 文献综述第14-33页
1 被子植物的多样性第14-15页
  1.1 种子贮藏物质的差异第14页
  1.2 豆科植物与根瘤菌共生固氮第14-15页
2 植物油脂合成的研究进展第15-20页
  2.1 油脂合成途径第15-18页
    2.1.1 脂肪酸合成第15-16页
    2.1.2 三酰甘油的合成第16-17页
    2.1.3 油体的形成第17-18页
  2.2 油脂合成途径的转录调控第18-19页
  2.3 油脂合成途径研究的存在问题第19-20页
3 豆科植物根瘤固氮的研究进展第20-22页
  3.1 根瘤的形成及生物固氮的分子基础第20-21页
  3.2 豆科植物根瘤固氮研究的存在问题第21-22页
4 生物信息学研究第22-32页
  4.1 比较基因组学及其应用第22-23页
  4.2 转录组学及其应用第23-27页
    4.2.1 转录组学基本研究方法第23-24页
    4.2.2 RNA-seq在植物研究中的应用第24-27页
  4.3 蛋白质-蛋白质互作研究第27-32页
    4.3.1 蛋白质-蛋白质互作的研究方法第28-30页
    4.3.2 常用的蛋白质互作数据库第30页
    4.3.3 蛋白质互作关系的验证第30-31页
    4.3.4 物种间的蛋白质互作网络构建第31-32页
5 本研究的目的与研究内容第32-33页
第二部分 研究报告第33-86页
第二章 高油植物油脂合成相关基因的生物信息学挖掘第34-60页
1 引言第34-36页
2 材料与方法第36-38页
  2.1 数据来源第36页
  2.2 GO注释和富集分析第36-37页
  2.3 OrthoMCL分析和物种特有基因的鉴定第37页
  2.4 鉴定大豆中参与油脂代谢的基因第37页
  2.5 基于表达的聚类分析和PLC网络分析第37-38页
  2.6 大豆高油和低油品种间转录组数据分析第38页
  2.7 进化树构建和正选择分析第38页
3 结果第38-53页
  3.1 4个高油植物特有基因的鉴定和GO富集分析第38-39页
  3.2 4个高油植物特有基因在种子发育时期的表达模式第39-40页
  3.3 大豆中鉴定与种子油分含量相关的基因第40-52页
    3.3.1 直接参与油脂代谢的高油植物特有基因第40页
    3.3.2 通过PLC网络分析鉴定参与油脂代谢的高油植物特有基因第40-42页
    3.3.3 重要油脂合成酶的表达模式分析第42-45页
    3.3.4 鉴定调控种子油脂合成的转录因子第45-52页
  3.4 高油和低油大豆品种间基因差异表达分析第52-53页
4 讨论第53-60页
  4.1 碳水化合物的降解和转运第54-55页
  4.2 脂肪酸合成和种子油脂积累的调控第55-56页
    4.2.1 参与脂肪酸合成过程的高油植物特有基因第55页
    4.2.2 脂肪酸合成过程中表达上调的基因第55-56页
  4.3 脂肪酸的转运、三酰甘油的合成和油体形成第56-57页
    4.3.1 脂肪酸的转运第56页
    4.3.2 三酰甘油的合成和油体形成第56-57页
  4.4 信号转导和其他影响脂质代谢的因素第57-60页
    4.4.1 信号转导第57-58页
    4.4.2 影响脂质代谢的其他因素第58-60页
第三章 利用大豆与大豆慢生型根瘤菌USDA 110的蛋白质互作网络预测大豆根瘤固氮基因第60-84页
1 引言第61-62页
2 材料与方法第62-65页
  2.1 数据来源第62页
  2.2 PPI预测方法第62-63页
  2.3 鉴定B.drazoefficients USDA110中的跨膜蛋白和分泌蛋白第63页
  2.4 GO注释和功能相似性计算第63-64页
  2.5 共表达分析第64-65页
3 结果第65-81页
  3.1 PPI网络构建第65-67页
  3.2 PPI网络的准确性评估第67-69页
    3.2.1 根瘤组织中表达水平分析第67页
    3.2.2 大豆内部PPI网络GO分析第67-69页
    3.2.3 大豆内部PPI网络共表达分析第69页
  3.3 蛋白质互作网络中蛋白质功能分析第69-73页
    3.3.1 B. drazoefficients USDA 110蛋白第69-72页
    3.3.2 大豆蛋白第72-73页
  3.4 高网络连接度蛋白第73-75页
  3.5 保守的蛋白质-蛋白质互作第75-76页
  3.6 互利共生相关子网络分析第76-81页
    3.6.1 双组份信号转导系统调控根瘤固氮第76-78页
    3.6.2 大豆SNARE蛋白参与调控根瘤菌离子转运第78-79页
    3.6.2 大豆14-3-3蛋白参与调控根瘤菌二羧酸的转运第79-81页
4 讨论第81-84页
  4.1 大豆高网络连接度蛋白在根瘤固氮过程中发挥作用第81-82页
  4.2 大豆与B.drazoefficients USDA 110在众多生物过程中存在蛋白质相互作用第82-84页
第四章 全文结论和创新点第84-86页
1 全文结论第84页
2 创新点第84-86页
参考文献第86-110页
附录第110-128页
致谢第128-130页
攻读博士学位期间发表及待发表的论文第130页

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