菌株Shinella sp. HZN7中去甲基尼古丁降解基因克隆和功能研究

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菌株Shinella sp. HZN7中去甲基尼古丁降解基因克隆和功能研究
论文目录
 
摘要第1-10页
ABSTRACT第10-14页
缩略语表第14-15页
前言第15-16页
第一章 文献综述第16-34页
1 去甲基尼古丁概述第16-19页
  1.1 去甲基尼古丁简介第16页
  1.2 去甲基尼古丁毒性和环境危害第16-17页
  1.3 去甲基尼古丁生物降解研究现状第17页
  1.4 国内外去甲基尼古丁微生物降解相关研究的不足第17-19页
2 蛋白模拟及分子对接第19-25页
  2.1 蛋白质结构模拟预测第19-23页
  2.2 分子对接第23-25页
3 基因水平转移评估方法第25-27页
  3.1 基因水平转移简介第25-26页
  3.2 基因水平转移评判方法第26-27页
4 本论文的研究目的和意义第27-29页
  4.1 本论文的研究目的第27-28页
  4.2 本论文的意义第28页
  4.3 技术路线第28-29页
参考文献第29-34页
第二章 菌株HZN7中去甲基尼古丁的降解基因预测第34-50页
第一节 菌株HZN7及其突变株的降解特性研究第35-40页
1 材料与方法第35-37页
  1.1 培养基与试剂第35页
  1.2 菌株及培养条件第35-36页
  1.3 菌株降解种子液的制备第36页
  1.4 尼古丁和去甲基尼古丁及它们中间产物的检测方法第36页
  1.5 去甲基尼古丁降解能力的验证第36-37页
2 结果与分析第37-40页
  2.1 菌株HZN7降解情况第37页
  2.2 菌株HZN7及四株突变株降解状况比较第37-40页
第二节 HZN7基因组DNA测序及nctb基因水平转移分析第40-46页
1 材料与方法第40-42页
  1.1 试剂与仪器第40页
  1.2 菌株基因组DNA提取第40页
  1.3 菌株HZN7基因组完成图测序第40-41页
  1.4 基因水平转移评估第41-42页
2 结果与分析第42-46页
  2.1 菌株HZN7基因组DNA完成图的测序第42-43页
  2.2 去甲基尼古丁降解基因的预测第43-46页
本章小结第46-47页
参考文献第47-50页
第三章 菌株HZN7中去甲基尼古丁两步降解基因的克隆及代谢产物鉴定第50-74页
第一节 HZN7中nctA的功能验证及产物鉴定第51-63页
1 材料与方法第51-58页
  1.1 试剂与仪器第51页
  1.2 本章节所用的菌株与质粒第51-52页
  1.3 本章节所用的引物第52页
  1.4 nctA基因的敲除第52-57页
  1.5 nctA基因的功能回补与异源表达第57页
  1.6 NctA转化去甲基尼古丁的产物纯化及衍射化第57-58页
  1.7 NctA转化去甲基尼古丁的产物鉴定第58页
2 结果与分析第58-63页
  2.1 nctA基因敲除与回补第58页
  2.2 nctA异源表达第58-59页
  2.3 NctA转化去甲基尼古丁的产物鉴定第59-63页
第二节 HZN7中nctB的功能验证及产物鉴定第63-71页
1 材料与方法第63-66页
  1.1 试剂与仪器第63页
  1.2 本章节所用的菌株第63页
  1.3 nctB基因敲除菌株N7-AnctB的功能验证第63-64页
  1.4 nctB基因的表达纯化及酶功能验证第64-65页
    1.4.1 nctB基因的表达第64页
    1.4.2 NctB的纯化第64-65页
    1.4.3 SDS-PAGE蛋白电泳第65页
    1.4.4 考马斯亮蓝蛋白定量第65页
  1.5 NctB转化6HNor的产物纯化及衍射化第65-66页
  1.6 NctB转化6HNor的产物鉴定第66页
2 结果与分析第66-71页
  2.1 N7-AnctB的功能验证第66页
  2.2 NctB表达纯化及功能验证第66-68页
  2.3 NctB转化6HNor的产物鉴定第68-71页
本章小节第71-73页
参考文献第73-74页
第四章 NctB蛋白模拟分子对接初探第74-90页
第一节 NctB蛋白模拟第75-83页
1 材料与方法第75-79页
  1.3 配体准备第75-76页
  1.4 蛋白模拟第76-77页
  1.5 模型评估第77页
  1.6 本地序列比对第77页
  1.7 AutoDock vina分子对接第77-79页
  1.8 图形化展示第79页
2 结果与分析第79-83页
  2.1 蛋白模拟结果评估第79-80页
  2.2 分子对接结果第80-83页
第二节 底物6HNOR分子对接第83-87页
1 材料与方法第83-85页
  1.1 供试材料第83页
  1.2 生物信息学数据库和软件第83页
  1.3 配体6HNor准备第83-84页
  1.4 AutoDock vina分子对接第84-85页
  1.5 图形化展示第85页
2 结果与分析第85-87页
本章小结第87-88页
参考文献第88-90页
全文总结第90-92页
本研究创新点第92-94页
今后展望第94-96页
附录一 培养基与试剂配方第96-98页
附录二 基因登录号第98-99页
附录三 nctA1序列第99-100页
附录四 nctA2序列第100-102页
附录五 nctB序列第102-103页
附录六 发表文章第103-104页
致谢第104页

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去甲基尼古丁 Shinella sp.HZN7 5-(4,5-二氢-3H-吡咯-2-基)-吡啶-2-醇 代谢途径 分子对接
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